Visi IAI Qomaruddin adalah :
“Terwujudkan Perguruan Tinggi Islam Yang Unggul dan Kompetitif Berwawasan Pesantren”

Misi IAI Qomaruddin adalah :
Meningkatkan mutu budaya akademik.
Mengembangkan riset ilmu-ilmu keislaman dan kemasyarakatan.
Memberikan kontribusi terhadap peningkatan kualitas hidup masyarakat.
Melakukan reintegrasi keilmuan sesuai tradisi pesantren, dan meningkatkan kualitas sumberdaya manusia secara berkelanjutan

Tujuan IAI Qomaruddin adalah :
Menghasilkan sarjana pendidikan Islam yang professional dan akuntabel melalui proses pendidikan, penelitian dan pengabdian pada masyarakat yang berkualitas.
Menghasilkan produk pemikiran, teknologi dan sumber belajar pendidikan Islam