Fakultas Tarbiyah di IAI Qomaruddin Gresik memiliki Program Studi :
1. Pendidikan Agama Islam
Menghasilkan guru pendidikan agama yang memiliki kompetensi pedagogik, kompetensi kepribadian, kompetensi sosial, dan kompetensi profesional dalam pembelajaran pendidikan agama islam pada jenjang pendidikan dasar dan menengah di sekolah atau madrasah
2. Manajemen Pendidikan Islam
Menghasilkan seorang manajer dan supervisor pada lembaga formal atau non formal atau sebagai penyelenggara pendidikan agama islam pada jenjang pendidikan dasar dan menengah
3. Magister Pendidikan Islam (S2)
Menghasilkan lulusan yang menjadi tenaga pendidik profesional yang berkualifikasi sebagai dosen dalam bidang pemikiran pendidikan islam, atau menjadi tenaga pendidikan dan kependidikan yang mampu